Poprvé se vyskytuje zmínka o obci Hlavnice v pramenech z roku 1250, kdy patřila k majetku cisterciáckého kláštera. V dalších stoletích byla rozdělena na více částí a vystřídalo se zde více majitelů. Pravděpodobně zde stávala tvrz, ale zanikla beze stop. V pol. 17. stol. zde vládl rod Neuhauzů a v 18. stol. rod Pinů z Friedenthalu. V 80. letech 18. stol. kupuje Hlavnici Ondřej hrabě Renard a staví roku 1792 malý empírový zámek s parkem.

Od roku 1950 patří Hlavnice do okresu Opava a od roku 1990 je samostatnou obcí.